Como en la primera entrega, vuelves a ser Sam Fisher, agente especial para operaciones encubiertas de Third Echelon, una división de la Agencia Nacional de Seguridad de los EE.UU. Como tal, deberás tomar decisiones críticas, no sólo para el desempeño de tu misión, sino también como ser humano enfrentado a situaciones límite.

En la versión online tendrás la oportunidad de encarnar la figura de un mercenario pagado por el guerrillero Sadono o convertirte en un miembro de Shadownet, cuerpo de espías de la agencia nacional de seguridad. Disfrutarás de un apasionante enfrentamiento el que no habrá compasión, sólo habilidad e inteligencia.